L’indemnité de départ de son directeur, le hautboïste Laurent Gignoux, a fait bondir les pouvoirs publics aquitains. Décidée sans consultation préalable des tutelles, elle a également causé le départ du président, Alain Meunier. 

Devant un projet artistique et pédagogique financièrement contraint, les représentants élus des professeurs et des étudiants démissionnent du conseil d'administration.